Gnuplot può funzionare in due diverse modalità.

La prima è quella interattiva : in questa modalità si digitano i comandi in sequenza, uno dopo l'altro : si può osservare passo passo l'effetto che si ottiene.

Le modalità interattiva è utile quando si devono fare delle prove o realizzare un singolo grafico su cui non si hanno ancora le idee chiare. Così facendo si possono osservare di volta in volta gli effetti dei cambiamenti fino a ottenere il risultato desiderato.

La seconda è quella batch, in cui i comandi desiderati vengono scritti in un file di testo che verrà poi eseguito come uno script.

La seconda modalità si utilizza quando occorre svolgere operazioni automatiche o si deve realizzare una serie di grafici con le stesse impostazioni: un unico script eseguito più volte genererà tutte le illustrazioni desiderate.

Modalità Interattiva

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È sufficiente lanciare il programma per avviare una sezione interattiva e trovarsi di fronte al terminale di gnuplot:

$ gnuplot

       G N U P L O T
       Version 4.2 patchlevel 2
       last modified 31 Aug 2007
       System: Linux 2.6.17-gentoo-r4

       Copyright (C) 1986 - 1993, 1998, 2004, 2007
       Thomas Williams, Colin Kelley and many others

       Type `help` to access the on-line reference manual.
       The gnuplot FAQ is available from http://www.gnuplot.info/faq/

       Send bug reports and suggestions to <http://sourceforge.net/projects/gnuplot>


Terminal type set to 'x11'
gnuplot> 

A questo punto possiamo digitare una serie di comandi che andranno a definire i dati da disegnare e il loro aspetto grafico (spessore, colore, range... ).

Il primo problema che sorge è quindi quello di capire come definire quello che voglio raffigurare.

Comandi shell

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Gnuplot consente di eseguire comandi shell, cosa molto utile che evita di dover uscire da una sessione, eseguire il comando e poi rientrare. Qualunque comando sia preceduto da un ! verrà interpretato come un comando della shell ed eseguito come tale. per esempio la sequenza di comandi:

gnuplot> !mkdir far
!
gnuplot> !ls -al far
totale 0
drwxr-xr-x 1 al users  2  5 nov 18:07 .
drwxr-xr-x 1 al users 25  5 nov 18:07 ..
!
gnuplot> !touch far/locco
!
gnuplot> !ls -al far
totale 0
drwxr-xr-x 1 al users  3  5 nov 18:07 .
drwxr-xr-x 1 al users 25  5 nov 18:07 ..
-rw-r--r-- 1 al users  0  5 nov 18:07 locco
!
gnuplot>

creea la cartella far, ne visualizza il contenuto, vi crea all'interno il file locco e infine visualizza di nuovo il contenuto.

La possibilità di eseguire comandi shell risulta molto utile se si deve interagire con altri programmi nel corso delle elaborazioni, per esempio per acquisire o manipolare file contenente dati, oppure per compiere successive modifiche alle immagini che abbiamo creato con ulteriori applicativi.

Modalità batch

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Come annunciato la seconda modalità è quella destinata all'editing ed esecuzione di script che facilitino l'automazione delle operazioni.

Il linguaggio utilizzato è lo stesso utilizzato nelle sessioni interattive.