Il lettore come si è detto è gestito dal programma iTunes e l'integrazione è talmente strattastretta da viverne in simbiosi. iTunes permette di gestire tutte le funzionalità del lettore e una organizzazione molto ben congegnata del programma ha reso l'accoppiata iTunes-iPod uno dei migliori esempi di integrazione hardware software. La simbiosi tra il programma e il lettore è stata ulteriormente rafforzata dall'apertura di Apple dell'iTunes Music Store un negozio di musica on-line. Lo store è raggiungibile solamente tramite iTunes e lo stesso iTunes è l'unico programma in grado (legalmente) di gestire e riprodurre la musica acquista sullo store. Lo store per stessa ammissione Apple non è nato per generare profitti ma per sostenere e rafforzare le vendite del lettore digitale. Apple ha spiegato più volte che visti gli strettissimi margini negli store on-line la possibilità di fare elevati guadagni dalla musica on-line attualmente è una chimera. Difatti pur lo store attualmente assorbendo circa 80% del mercato mondiale a pur avendo venduto più di 1 miliardi di canzoni si stima che abbia prodotto guadagni ad Apple per poche decine di milioni di dollari, una cifra molto modesta per una società che fattura più di dieci miliardi di dollari all'anno. Comunque lo store sicuramente fidelizza i clienti dato che le canzoni comprate su iTunes Music Store possono essere riprodotte solo dall'iPod e quindi gli utilizzatori dello store sono fortemente motivati ad acquistare un iPod scartando qualsiasi altro lettore musicale. Questo vale soprattutto per gli acquirenti di vecchi iPod che quando decideranno di sostituire il loro lettore probabilmente compreranno un altro modello di iPod.
