Fondato nel [[w:1985]] da un'associazione privata con il sostegno della Provincia Autonoma di Bolzano, l'allora Museo d'Arte Moderna inizia nel [[w:1987]] l'attività nella sede di via Sernesi sotto la direzione di [[w:Pier Luigi Siena]] e la presidenza di [[w:Karl Nicolussi-Leck]].
Inizialmente l'istituzione ha un respiro regionale: la finalità è la promozione e la documentazione delle arti visive nell'area tra [[w:Ala (Italia)|Ala]] e [[w:Kufstein]] ([[w:Tirolo]] storico) per il periodo dal [[w:1900]] in poi.
Con l'inizio degli anni '90 l'attività si apre al confronto tra le espressioni artistiche italiane e tedesche. Il nome Museion, adottato nel [[w:1991]], intende rispecchiare la vocazione interdisciplinare caratteristica dell'arte contemporanea. Nel 1991 il museo assume il nome di Museion rendendo esplicito l’intento di allargare l’attività collezionistica ed espositiva all’[[w:interdisciplinarità]].
Nel [[w:2000]], con la presidenza di [[w:Alois Lageder]], Museion diventa Museo d'arte moderna e contemporanea. Sotto la direzione di [[w:Andreas Hapkemeyer]] il tema [[w:Linguaggio nell'arte]] si delinea come un ambito di specializzazione significativo. Un ambito che è molto legato al territorio, essendo una regione di confine con tre lingue ufficiali, obiettivo perseguito anche dalla direttrice [[w:Corinne Diserens]], fino al novembre 2008. Attualmente è direttrice di Museion [[w:Letizia Ragaglia]], confermata nel 2014 per altri tre anni.
