Si tratta di un gel di poliacrilammide nel quale si ha un gradiente di concentrazione dell’acrilammide stessa. Tale percentuale varia tipicamente da un 5% in superficie fino ad un 25% al fondo del gel. Pertanto, mentre alla sommità del gel sono presenti pori di grossi dimenzionidimensioni, man mano che si va verso il fondo si avrà una diminuzione delle dimenzioni dei pori. In una miscela complessa di proteine si avrà una separazione maggiore rispetto ad un gel convenzionale in quanto la proteina migra fino a raggiungere le dimenzioni limite del poro, impaccandosi e producendo una banda molto stretta. Una proteina di peso molecolare poco inferiore sarà in grado di migrare un po’ di più, impaccandosi poco oltre in un’altra banda sottile. Così, invece di avere un’unica banda in cui le due proteine sfumano l’una nell’altra, si ottengono due bande sottili e ben definite.
