L'obiettivo rimane invariato, in entrambi i casi. La seconda versione è ovviamente un po' più costosa ma garantisce molto spesso l'utilizzo di un vastissimo deck dato che si può giocare praticamente con tutte le carte (tranne quelle proibite).
Ci sarebbe anche una terza modalità, che purtroppo non è stata ancora importata ufficialmente nèné tantomeno riconosciuta qui in Italia: si tratta del YVD, ovvero ''[[w:Yu-gi-Oh Virtual Desktop|Yu-gi-Oh Virtual Desktop]]''. Come dice il nome si tratta di un programma direttamente scaricabile in lingua inglese gratuito che permette di costruirsi un deck e di giocare online proprio come ai consueti videogiochi prodotti da KONAMI. La procedura è ovviamente molto più complessa in quanto bisogna scaricare anche i pacchetti immagini per poter visualizzare correttamente le carte, e conoscere molto l'inglese dato che anche gli effetti delle carte sono stati scritti in lingua americana.
