S. aureus è resistente a molti antibiotici e la velocità con cui sviluppa resistenza è preoccupante. NèNé le penicilline nèné le cefalosporine sono più efficaci, mentre vengono uccisi dalle β-lattamine protette e dai glicopeptidi vancomicina e teicoplanina ma emergono ceppi resistenti. Molti coagulasi negativi invece sono resistenti a tutti gli antibiotici conosciuti rappresentando un problema per immunocompromessi e degenti in terapia intensiva.
