Nel periodo 1996-2000 circa 136 aerei vennero aggiornati e in 92 casi, aggiornati allo standard -220E.
In termini di perdite, in tutto al 1996 vi erano stati 27 incidenti gravi, o quantomeno 27 aerei vennero distrutti in incidenti. Tra le altre missioni, gli F-16 olandesi di reparti 306, 315 e 322 erano impegnati nella missione Deny Flight partendo da Villafranca-Verona per controllare lo spazio aereo della ex-Yugoslavia. I controllo divenne guerra aperta nel 1999, quando gli olandesi parteciparono con i loro aerei alla campagna aerea Allied Force contro la Serbia-Montenegro. Gli F-16 schierati furono circa 16 macchine accompagnati da 2 KC-707 aerorifornitori. Nelle prime fasi della guerra, almeno uno dei vari MiG-29 abbattuti è stato abbattuto (ma la cosa non è molto sicura, data la confusione con gli F-16 americani anch'essi presenti) da un F-16 del 322°, utilizzando almeno un missile AMRAAM, il quale, in questa guerra ha definitivamente sostituito lo Sparrow e il Sidewinder come arma principe del combattimento aereo, che per la prima volta nella storia ha visto l'uso praticamente esclusivo di missili a guida radar-attiva per tutti gli ingaggi (pochi in verità) registrati.
